В жовтні 1989 р. був прийнятий на посаду старшого викладача кафедри історії СРСР і УРСР Луцького державного педінституту імені Лесі Українки. В 1994 – 1997 рр. навчався в аспірантурі, в грудні 1997 р. успішно захистив кандидатську дисертацію на тему «Аграрна політика Польщі на Волині у 1921 – 1939 рр.». Після захисту працював на посаді старшого викладача кафедри історії України. Вчене звання доцента отримав в лютому 2003 р. і з цього часу працював на посаді доцента кафедри давньої і нової історії України, а з жовтня 2010 р. є доцентом кафедри археології, давньої та середньовічної історії України. В 2005 р. Я. М. Шабала був обраний заступником декана історичного факультету і працює на цій посаді донині (відповідає за наукову роботу та організацію навчального процесу на заочній формі навчання).
26 червня 2013 р. на засіданні спеціалізованої ради Д 76.051.06 у Чернівецькому національному університеті імені Юрія Федьковича захистив докторську дисертацію "Аграрні реформи на Волині у ХХ - на початку ХХІ ст.: передумови, перебіг та наслідки" за спеціальністю 07.00.01 - Історія України. 30 червня 2015 р. рішенням Атестаційної комісії МОН України було присвоєно вчене звання професора кафедри археології, давньої та середньовічної історії України.
Я. М. Шабала неодноразово приймав активну участь в організації міжнародних, всеукраїнських та регіональних конференцій, які проводилися на історичному факультеті, був учасником багатьох історико-краєзнавчих конференцій, його виступи опубліковані у відповідних збірниках. Шабала Я. М. співпрацює з Волинським відділенням МАН України, упродовж тривалого часу він є науковим консультантом, членом журі на конкурсах-захистах учнівських наукових робіт, на міських та обласних турнірах юних істориків, на Всеукраїнських та обласних олімпіадах з історії серед школярів, постійно запрошується для викладання на курсах підвищення кваліфікації у Волинському інституті післядипломної педагогічної освіти.
1.Шабала Я. Історія України : посібник-практикум / Ярослав Шабала. – Луцьк : ВМА «Терен», 2008. – 300 с.